2003年，随着罗纳尔迪尼奥登陆诺坎普，哈维被进一步激活。从2004年到2005赛季初，就像节拍器一样的哈维，用他稳定的中场调度，给了小罗和其他进攻线上的人充分展现自己的空间。
2005年12月，处于上升期的哈维膝盖韧带撕裂，被认为是球员在训练中健康的头号杀手。这个“杀手”的出现可能会让哈维缺席6个月的比赛。果不其然，连续两个月，他每天都跟着理疗师早起徒步攀爬，促进肌肉力量的恢复，但哈维几乎错过了2005-2006年巴萨梦之队2的辉煌赛季。经过5个月的治疗，哈维赶上了欧冠决赛和世界杯。正如西班牙国家队主教练阿拉贡内斯所说:“西班牙国家队离不开哈维”。罗纳尔迪尼奥的消沉引发了巴萨王朝的覆灭，哈维在巴萨无所作为的2006-2007赛季度过。
直到瓜迪奥拉的到来，巴萨才迎来了2008-2009赛季的巅峰。在新任主教练瓜迪奥拉的带领下，巴萨实现了本赛季的“大满贯”:西甲、西班牙国王杯、西班牙超级杯、欧洲冠军联赛、欧洲超级杯、世俱杯。
也是从2008年开始，西班牙足球蓬勃发展，谁是开启那个时代的标志性人物？是阿拉贡密斯吗？他开创了斗牛士军统治集团的全新战术。是瓜迪奥拉吗？他使巴塞罗那足球革命的影响波及整个欧洲，达到了前所未有的高度。这场西班牙足球革命的核心代名词就是传控，而传控的最佳代言人就是哈维。
从2008年到2012年，最好的哈维在一个近乎完美的巴塞罗那达到了职业生涯的巅峰。
2009年8月2日，哈维在伯纳乌上演助攻，帮助巴萨在客场6-2击沉银河战舰。2010-2011年诺坎普的国家德比，伊涅斯塔的直传球，哈维对卡西的皇马进球的渗透，导致巴萨5-0再一次血洗皇马。哈维在同赛季的欧冠决赛中，在红魔严密的防守中找到了空档，并助攻佩德罗破门得分。无论面对什么样的对手，哈维总能深谙球场之道，送出致命助攻。足球“超级大脑”名副其实！
